微生物分为八大类：细菌、病毒、真菌、 放线菌 、 立克次氏体 、 支原体 、 衣原体 、 螺旋体。我们常见的有细菌、病毒和真菌。
细菌中具有益生功能的被称为益生菌。在中国，我们有一个可食用菌种名单，里面包含36个不同的菌种。其中每个菌种中的菌株数以百计。
同种之间的菌株全基因组序列的ani值一般在95%以上，他们包含着大部分相同功能的基因。但不同的那些特别的基因造成了菌株功能的差异。所以，益生菌的功能是否强大，只精确到种水平是不够的，还要到株水平。
有些基因组99.99%相似的菌株功能上也会有很大的区别，这是因为功能是由蛋白质完成的，蛋白质是由RNA表达形成的，RNA是由DNA转录得到的。整个过程仅仅是DNA的编码相同不能保证在其他层面也相同。
另外，菌株在生产过程中会传代发酵，这个过程生产工艺的影响至关重要。会影响菌株的基因组稳定性和产品的货架期。菌死了当然就没用了。
